Enstitünün organları 2547 sayılı yasanın 19. maddesine göre, enstitü müdürü, enstitü kurulu ve enstitü yönetim kuruludur. Enstitü kurulu müdürün başkanlığında müdür yardımcıları ve enstitüyü oluşturan anabilim dalı başkanlarından oluşur. Enstitü yönetim kurulu, müdürün başkanlığında, müdür yardımcıları ve müdürce gösterilecek altı aday arasından enstitü kurulu tarafından üç yıl için seçilecek üç öğretim üyesinden oluşur. Enstitülerin akademik birimleri anabilim ve/veya anasanat dallarıdır. Lisansüstü Eğitim Öğretim Enstitülerinin Teşkilat ve İşleyiş Yönetmeliğinin 3. maddesinin c bendine göre Sağlık Bilimleri Enstitüsü anabilim dalları üniversitenin Diş Hekimliği, Eczacılık, Tıp ve Veteriner Fakültelerinin anabilim dalları ile Eğitim Fakültelerinin Beden Eğitimi ve Spor Bölümleri’dir. Ayrıca; 6. madde, Fizik Tedavi ve Rehabilitasyon, Hemşirelik, Sağlık İdaresi, Sağlık Teknolojisi, Ev Ekonomisi, Beden Eğitimi ve Spor ile Hayvan Sağlığı Yüksekokulları mezunlarının da Sağlık Bilimleri Enstitüsünde lisansüstü eğitim öğretim yapabileceklerini öngörmektedir. Sağlık Bilimlerindeki lisansüstü çalışmalar, ilgili kuruluşların klinik, poliklinik, laboratuvar ve ameliyathane gibi tesislerinde veya uygulama ve araştırma merkezlerinde yapılır. Bir lisansüstü program; yüksek lisans, doktora veya sanatta yeterlik unvanlarına yönelik belirli sayıda ve belirli içerik ve adları taşıyan zorunlu ve seçmeli dersler ile doktora yeterlik sınavı, sanat yeterliği sınavı, tez, sanat eseri ve uygulamalardan oluşur. Lisansüstü programlar enstitü anabilim ve enstitü anasanat dalları ile aynı adları taşırlar. Ancak rektörün önerisi ve Yüksek Öğretim Kurulu kararı ile bir enstitü anabilim veya enstitü anasanat dalında, o enstitü anabilim ve/veya anasanat dalından değişik ad taşıyan bir lisansüstü program da açılabilir. Bir programda, lisansüstü eğitim-öğretim yapılabilmesi için o programla ilgili anabilim veya anasanat dalında lisans eğitim-öğretimi yapılaması şart değildir.